病院や診療所の開設者を対象とした保険で、勤務医や看護師などの使用人の医療行為が原因で、患者が亡くなったり、後遺症が発生したり、身体の具合が悪くなった場合の損害賠償を補償する「医師賠償責任保険」と、施設の火災等における避難誘導が遅れて患者がケガを負ったり死亡した、食堂の食事で患者・見舞客が食中毒になったなど、医療機関の使用管理上の事故の損害賠償を補償する「医療施設賠償責任保険」の2つの性質を併せ持っています。
一般的なタイプは最大補償額が1億円となっています。東京海上日動などの損害保険会社のほか、日本病院共済会（日本病院会）、全日病福祉センター（全日本病院協会）、自治体病院共済会などの団体が保険を取り扱っています。
保険料は病床の数や種類（一般・療養・精神・結核・感染症）、過去の損害発生状況、リスクによって変化します。事故を起こし保険金の支払いを受けると、その額に応じて次年度の保険料が上昇します。この点が、保険の使用の有無に関係なく保険料が一定の医師賠償責任保険（勤務医が個人で加入）との大きな違いです。医療機関が勤務医に個人での保険加入を推奨する理由の一つはここにあります。
保険金が支払われる具体的なケース
1.病院の建物や施設が原因となった事故…病室に備え付けの医療器具が倒れて、患者あるいは見舞い客らが負傷した等
2.医療行為以外が原因となった事故…看護師とぶつかった患者が転倒して、骨折した等
3.販売した商品による事故…病院内の食堂・売店で提供した食品で食中毒が発生した等
この保険には日本医師会医師賠償責任保険における審査会のような制度はありません。患者等から損害賠償の請求があった場合、被保険者から報告を受けた損害保険会社は、被保険者から事故報告書や患者等から損害賠償請求書の提出を受けるとともに、カルテ、看護記録、検査記録、画像資料等の診療記録のコピーの提出を受け、顧問医師等に検討を依頼して医学的、法的観点から検討を行い、責任の有無・賠償金額を決定するのが一般的です。
なお、医師等が弁護士費用を病院賠償責任保険でまかなおうとする場合には、弁護士受任や弁護士費用について損害保険会社と事前に協議を行い、必要な手続きを経ておく必要があります。